De vereniging Woongoed GO heeft haar organisatie als volgt gestructureerd. Ten eerste zijn er de leden. Uit deze leden is er een gekozen ledenraad. De ledenraad is de spreekbuis van de vereniging en wordt voorgezeten door de directeur-bestuurder. De Raad van Commissarissen (RvC) is de toezichthouder van de vereniging. Deze RvC benoemt het enige Raad van Bestuurslid, de directeur-bestuurder. De directeur-bestuurder is eindverantwoordelijk voor de werkorganisatie Woongoed GO.